Marcos Gándara de regreso de Chile es nombrado Director de la Academia de Guerra del Ejército el 3 de junio de 1963 y Senador Funcional por las FF.AA., a la Cámara del Senado del Congreso.
La noche del 10 de julio de 1963, se produjo un bochornoso incidente durante la recepción ofrecida en el Palacio de Carondelet a un alto funcionario de la compañía Grace Line. Lo previsto encontró la ocasión. Carlos Julio Arosemena es depuesto, asume el mando la Junta Militar de Gobierno con el capitán de navío Ramón Castro Jijón por la Armada; el coronel Luis Cabrera Sevilla por el Ejército y el teniente coronel Guillermo Freile Posso por la Fuerza Aérea. Al coronel Marcos Gándara -Senador Funcional por las Fuerzas Armadas-, le suman por su preparación académica.
Luego de la terminación del gobierno militar, Marcos Gándara retoma sus labores académicas en la Escuela Politécnica Nacional a la que tanto sirvió; en su paso por ella, llegó a ser Vicerrector, Subdecano de la Facultad de Ingeniería Eléctrica y propulsor de la Facultad de Ingeniería Civil, donde colaboró en la creación de su laboratorio de hidráulica, instrumento importantísimo para emprender en grandes obras hidráulicas del Ecuador.
En sus tiempos de gobernante provee recursos a la Politécnica a la que tanto quiso, con lo que logra trasladarse de su vetusto edificio en las inmediaciones del parque de La Alameda a su actual campus en la calle Ladrón de Guevara y obtiene asesorías extranjeras para la creación de laboratorios en ella.
El general Gándara –entregado el poder pidió la baja del Ejército-, ante la persecución política. Se le prohibió que enseñe y trabaje en la Politécnica Nacional, vigilado y temiendo inclusive por su vida, pide asilo en la Embajada de Bolivia en Quito. Tras recibir el salvo conducto oportuno, viaja y se radica en la ciudad de La Paz.
En Bolivia es asesor de Obras Hidráulicas de la Corporación Boliviana de Fomento, propulsó y asesoró en la creación y organización del Servicio Nacional de Meteorología e Hidrología Boliviano, que para esa época no existía.
Concluido ese periplo donde fue muy reconocida su valía, pasa a Argentina contratado por el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) para proyectos hídricos. Por el lapso de dos años es Jefe del Sector de Desarrollo Hidráulico del Programa BID-Cuenca del Plata y como tal ayuda a readecuar el Plan Nacional de Recursos Hídricos de la República Argentina, con la elaboración de un ‘Marco para la Acción’ que contenía el manejo integrado de los recursos hídricos, el manejo de caudales ambientales, la planificación del uso y el aprovechamiento del agua, el manejo de cuencas y de aguas superficiales y subterráneas.
Cumplida su tarea y añorando su familia, compañeros y Patria, retorna a Ecuador el 17 de diciembre de 1970.
En el período 1986-1987 es Presidente de la Asociación de Generales y Almirantes de las FFAA, y ‘reformador’ de la revista anual de esa institución como órgano de difusión cultural, bautizándola de ‘Presencia’. En la edición Nº 9 escribe el artículo Debemos recuperar nuestra historia, donde afirma que Ecuador es el único país de América que no celebra la fecha de nacimiento de su Estado libre e independiente, sugiriendo con documentos y lógico razonamiento que debe ser el 13 de mayo de 1830, fecha en que se inicia nuestra vida republicana.
Interesado por la historia escribe libros como La semana trágica de Guayaquil, Noviembre 1922 y Aproximación a la verdad histórica, donde debate la tesis expuesta por Joaquín Gallegos Lara en su novela Las Cruces Sobre el Agua.
Continuando con su escritos este notable escritor militar, deja inéditos algunos libros y tratados, entre otros su Historia de la Reforma Agraria en América, libro de inusitada investigación continental, y La dictadura Constituyente, como una investigación social muy interesante y sus experiencias como las que logró cuando fue Jefe de Estado.
A fines de 1988, funda con otros distinguidos intelectuales la Sociedad Ecuatoriana de Investigaciones Históricas y Geográficas (SEIHGE), siendo elegido como Presidente el ilustre historiador y sacerdote jesuita Julián Bravo Santillán y Vicepresidente el general Marcos Gándara; sociedad con personería jurídica, con estatuto aprobado por la Función Ejecutiva en la presidencia del Dr. Rodrigo Borja Cevallos y que funciona en los locales de la biblioteca padre Aurelio Espinosa Pólit.
El 21 de mayo de 1992, en el marco del cumplimiento de los 500 años de la llegada de los españoles a América, en la Casa de Sucre se inaugura el Centro Cultural de Fuerzas Armadas.
Lector incansable, dedicado a la historia con pasión y entrega total, consigue con fecha 11 de julio de 1991, la creación del Centro de Estudios Históricos del Ejército, siendo su primer Director, más tarde se incluye al coronel Galo Chacón Izurieta y al teniente coronel Édison Macías Núñez, conformando un fecundo equipo de trabajo de prolíferas realizaciones históricas. Con ese grupo satisfacen una necesidad institucional con la llamada Biblioteca del Ejército Ecuatoriano, con 22 volúmenes publicados hasta la fecha de una colección completa.
Marcos Gándara, con profunda investigación escribe en el volumen 13,
Quito en Mainas. En el volumen 15,
Discurso Introductorio y Actas del 1er. Congreso constituyente del Ecuador. En el volumen 17,
El Ecuador del año 1941 y el
Protocolo de Río. Arroyo del Río y Arroyo en su tiempo. En el volumen 18,
El Ecuador y sus hombres de Estado. Tomo I:
El Sur en la Colombia Bolivariana. En el tomo 20,
La Semana Trágica de Guayaquil, corregida y aumentada. En 1993, escribe cortas pero completas, la
Biografía de Juan José Flores y en 1995 la
Biografía de Antonio Flores Jijón.
En el 2003 es removido el general Marco Gándara de la función de Director del Centro de Estudios Históricos del Ejército. Siguiendo en su empeños por amor a la historia colabora con su gran amigo el ‘Padre Julián’, director de la Biblioteca Espinosa Pólit, en la traducción del italiano al español de las impresiones del padre Mario Cicala S.J., durante su fructífera permanencia por más de veinte años en Ecuador como científico respetable, trabajador incansable en materia de ciencias naturales y botánicas en los territorios de la Audiencia de Quito, antes de volver a su Italia.
En 1996, el general como miembro de la Comisión de Negociación de Límites con el Perú, viaja a Brasil, con otros distinguidos ecuatorianos a bogar por la Patria. Hasta su deceso, es miembro activo de la Academia Nacional de Historia; institución a la que ingresó como miembro académico el 9 de enero del 2003, con el discurso: Pedro Moncayo: Análisis de su personalidad Política e Histórica; el Dr. Manuel de Guzmán Polanco, le da le respectiva bienvenida. El 13 de mayo del 2009, se crea la Academia Nacional de Historia Militar, por voto unánime de los miembros fundadores, es nombrado Director de esta Academia de Historia. En su deceso, fue remplazado por el general Fernando Dobronski Ojeda.
Con 91 años de edad Marcos Gándara Enríquez, poco a poco con la con la tranquilidad de la paz y la conciencia, se fue extinguiendo; primero su admirable cerebro, luego su fiel cuerpo. Por una temporada añeja, triste y arrinconado permaneció en el asilo de ancianos Villa Hogar La Esperanza, luego sus hijos le llevaron a su domicilio donde fallece el 17 de enero del 2011. El Centro de Estudios Históricos del Ejército, lleva su nombre. En la Academia Nacional de Historia Militar, su óleo. La Patria le debe mucho.